近來廠商來電詢問，因無進貨事實虛報進項稅額遭國稅局查獲，如欲以累積留抵稅額抵繳部分應補繳稅額，可否視為已補繳部分稅款，按比例適用較低裁罰倍數計算應處罰鍰金額？該局表示，財政部100年3月7日台財稅字第09900535810號令已有規定，稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表（以下簡稱裁罰參考表）所稱「已補繳稅款」，係指所漏稅款已「全部補繳完竣」。【舉例說明】甲公司106年1至12月間無進貨事實，取具不實統一發票，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，經查獲，核定補徵虛報進項稅額39萬餘元，於裁處罰鍰前，甲公司申請以現有之累積留抵稅額36萬餘元抵繳部分應補繳之營業稅，但賸餘應補繳稅額3萬餘元尚未繳清，依前揭財政部100年令釋尚非屬已補繳稅款，依裁罰參考表規定，仍應按所漏稅額處2.5倍罰鍰106萬餘元。嗣經國稅局輔導，甲公司於裁罰處分前將所餘3萬餘元之稅款全部繳清，即改按所漏稅額處1.5倍罰鍰60萬餘元，減少罰鍰46萬餘元。
財政部係基於營業人未繳清全部稅款即無法達到減輕處罰目的，以及同一違章行為不宜割裂適用不同裁罰基準等情形，始發布上開令釋規定，請營業人留意，以維護自身權益。
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