公司向經濟部申請審定為生技新藥公司者，享有研究與發展及人才培訓支出投資抵減營利事業所得稅，營利事業原始認股或應募為生技新藥公司之記名股東，亦得享有股東投資抵減營利事業所得稅之優惠，惟於經濟部審定函有效期間內，生技新藥公司有不符合資格要件者，經濟部得邀請相關機關代表及學者專家再行確認後，撤銷或廢止該審定函，原享有之租稅優惠將予追繳。依據修正後「生技新藥公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」 及「營利事業適用生技新藥公司股東投資抵減辦法」第2條第1項規定，關於資格要件必須符合：（1）生技新藥之研究或發展工作不得全程於國外進行；（2）研究發展費用占營業收入淨額達5%以上，或占實收資本額10%以上；（3）聘僱具大學以上學歷之專職研究發展人員至少5人；（4）最近3年內未重大違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律。
取得經濟部審定函之生技新藥公司，如經查核發現其申請時或於該審定函有效期間內有不符合前揭情形之一，而經撤銷審定函者，其已依生技新藥發展條例第5條及第6條規定已抵減之稅額，或經廢止審定函者，自不符合年度起抵減之稅額，應由稅捐稽徵機關追繳之，並自各該年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。公司108年度如欲適用生技新藥發展條例之研究發展及人才培訓支出投資抵減稅額及股東投資抵減稅額者，於經濟部審定函有效期間內仍應檢視是否符合前述投資抵減辦法第2條第1項各款規定，以免影響適用租稅優惠之權益。
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