依所得稅法規定，營利事業未依規定辦理營利事業所得稅結算申報，亦未於催報後補行申報，應按查得課稅資料或同業利潤標準，核定其所得額及應納稅額，另加徵怠報金。【舉例說明】A公司未依規定期限辦理108年度營利事業所得稅結算申報，接到稽徵機關寄發之滯報通知書之日15日內補辦結算申報，稽徵機關僅會就核定應納稅額加徵10%，最高3萬元最低1,500元之滯報金。若A公司逾限未辦理補報，稽徵機關會依查得課稅資料或同業利潤標準核定所得額及應納稅額，還會按核定應納稅額加徵20%，最高9萬元最低4,500元之怠報金。
依財政部109年7月9日台財稅字10904597360號令規定，個人、營利事業或教育、文化、公益、慈善機關或團體（下稱機關團體）購買符合貨物稅條例第11條之1（購買節能家電）、第12條之5（報廢或出口中古汽機車換購新車）或第12條之6（報廢老舊大型車換購新大型車）規定的貨物，所取得退還減徵貨物稅稅額，係屬購買該貨物成本或費用的減少，非屬所得性質。
營利事業因購買非屬固定資產之土地而借款所支付之利息，不可作為當期費用或支出。依營利事業所得稅查核準則第97條第9款規定，營利事業購買土地之借款利息，應列為資本支出；經辦妥過戶手續或交付使用後之借款利息，可作費用列支。但非屬固定資產之土地，其借款利息應以遞延費用列帳，於土地出售時，再轉作其收入之減項。【舉例說明】甲公司營利事業所得稅結算申報案件時發現，甲公司列報金融機構借款利息支出一百餘萬元，經深入查核該筆借款之用途為支付土地價款，雖已辦妥土地過戶手續，但公司購買該土地目的是為投資使用，遂依上開規定將利息支出核定轉列遞延費用。